实验室主要围绕主要任务和四个研究方向设立自主研究课题，由实验室主任组织团队开展持续深入的系统性研究；少部分课题可由固定人员或团队自由申请，开展探索性的自主选题研究。支持青年科技人员，鼓励实验技术方法的创新研究，支持新引进固定人员的科研启动。
自主研究课题期限一般为2-3年。实验室对自主研究课题的执行情况进行定期检查和验收。课题的检查和验收坚持“鼓励创新、稳定支持、定性评价、宽容失败”的原则。
一、课题申报（暂行）
（1）课题研究内容和目标具体、先进、可考核。重点支持能形成自主知识产权的选题(专利、先进技术标准、专著等)。
（2）基础研究项目选题要力求具有开拓性，应用研究项目选题要突出针对性和实效性。
（3）重点支持结合国家经济建设和社会发展，具有较好的应用前景、社会效益和经济效益的研究方向的选题。
（4）重点支持围绕学校重点学科建设，有利于学术带头人及骨干教师的成长，本领域较为前沿的研究方向的选题。
（5）支持有利于推进学术梯队的建设，培养和提高青年教师科研能力的选题。
（6）鼓励跨学科联合申报课题。
（7）已承担自主课题未结题者，不予受理。已获得资助的各级项目，不得重复申报。
（8）项目负责人及课题组成员只能同时参加一个课题的申报。项目一般应在2-3年内完成。
申报材料要求及时间：申请人按规定填写《煤炭资源与安全开采国家重点实验室自主研究课题申请书》一式三份，用A4纸打印，会同电子版于每年6月份交到实验室。
二、课题评审：通过实验室预审的课题，将统一安排课题负责人进行答辩。评审采取回避制度，凡有课题申报者均不作为评审专家组成员参与本次课题立项评审。答辩通过的课题按照评审意见修改后上报重点实验室学术委员会，实验室学术委员会批准后方准予立项，由实验室按计划给予专项经费资助。自申请人将按要求填写的一式三份《煤炭资源与安全开采国家重点实验室自主研究课题计划任务书》交至实验室办公室之日起项目启动。
三、经费使用：
资助经费分3次拨付，项目启动第一年拨付50%，第二年中期验收合格后拨付30%，整个项目验收合格后拨付余款。经费使用应按照《煤炭资源与安全开采国家重点实验室自主研究课题计划任务书》的经费预算执行，并严格遵守财政部、科技部《国家重点实验室经费管理办法》{财教[2008]531}。使用范围“具体包括与研究工作直接相关的材料费、测试化验加工费、差旅费、会议费、出版/文献/信息传播/知识产权事务费、专家咨询费、劳务费等。”具体额度为：
材料费（15%）
测试化验加工费（20%）
差旅费（25%）
会议费（15%）（会议费的1/3即总额度的5%由重点实验室统筹，用于组织课题申报、检查、验收等）
出版/文献/信息传播/知识产权事务费（15%）
劳务费（5%）
专家咨询费（5%）
四、验收指标：
受资助项目所取得的成果必须以“煤炭资源与安全开采国家重点实验室”或“State Key Laboratory of Coal Resources and Safe Mining”为第一作者单位，同时标明“煤炭资源与安全开采国家重点实验室自主研究课题资助”或英文标注以“Supported by State Key Laboratory of Coal Resources and Safe Mining”。
项目实施期间取得的成果必须以“煤炭资源与安全开采国家重点实验室”或“State Key Laboratory of Coal Resources and Safe Mining”为第一作者单位。中期检查合格的标准原则上为每个项目中期检查时须以“煤炭资源与安全开采国家重点实验室”或“State Key Laboratory of Coal Resources and Safe Mining”为第一作者单位发表3-4篇EI检索论文，验收合格的指标是项目验收时以“煤炭资源与安全开采国家重点实验室”或“State Key Laboratory of Coal Resources and Safe Mining”为第一作者单位发表1篇SCI检索论文和5篇EI检索论文。
五、本管理办法最终解释权在煤炭资源与安全开采国家重点实验室。
